Kanser hakkındaki bilgimiz herzamankinden çok da olsa, bu hastalık hala yılda 10 milyon kişinin hayatına mal olmaktadır. Kanser mutasyona uğrayan bir hücrenin kontrolsüz bir şekilde büyüyerek etraftaki sağlıklı dokulara yayılması ile oluşur. Kötü huylu hücreler bunu yaparken bağışıklık sisteminden kaçmaya yarayan özellikler geliştirip normal mekanizmaları bizim aleyhimize kullanırlar. Kanserle mücadelenin zorlu yanlarından biri de, kanserin tek bir hastalık olmayışı ve insandan insana büyük farklılıklar göstermesidir.

Geçtiğimiz 10 yılda çıkan yeni bir tür tedavi olan immünoterapi kanserin gidişatını büyük ölçüde iyileştirdi. İmmünoterapi vücudun bağışıklık mekanizmalarını aktive adip tümörlerin tamamen yok olmasını bile sağlayabilir. Fakat bu müthiş tedavi yöntemi hastaların sadece %20-60’ında işe yaramaktadır. Bundan dolayı geniş bir araştırmacı kitlesi immünoterapide yeni hedefler ve yaklaşımlar aramaktadır. Çalışmalar bazı bilinmeyenlere ışık tutsa da, en sonunda neden bazı hastaların tedaviye yanıt vermediğini bilmiyoruz. Bundan dolayı tümör immünolojisinin mekanizmalarının aydınlatılması büyük önem taşımaktadır.

Bizim labımız, kodlamayan RNA adı verilen RNA moleküllerinin tümör immünolojisindeki rollerini araştırmaktadır. Özellikle tümör ve bağışıklık sistemi hücrelerindeki uzun kodlamayan RNA (lncRNA) ve mikroRNA (miRNA) genleri ile ilgileniyoruz. Bunun yanında analiz algoritmaları ve arayüzleri geliştirerek çok boyutlu (highthroughput) biyolojik verilerin incelemesini kolaylaştırıyoruz. Labımızın ana temaları şunlardır:

  • Tümörün bağışıklık sisteminden kaçışını sağlayan lncRNA’lar

    • Makine öğrenmesi algoritmaları ve Kanser Genom Atlas’ı verilerini kullanarak, tümörlerdeki bağışıklık belirteçleri ile ifadesi değişiklik gösteren lncRNA genlerini saptadık. Bu genleri melanoma (agresif cilt kanseri) hücrelerinde sistematik olarak analiz edip immünolojik sonuca olan etkisini araştırmaktayız.
  • T hücrelerinin antitümör etkilerini kontrol eden miRNA’lar

    • Değişik biyoinformatik metotları kullanarak, katil T hücre (sitotoksik T lenfositi) fonksiyonlarını kontrol eden bir takım miRNA belirledik. CRISPR-Cas9 gibi son teknoloji genom düzenleme tekniklerini kullanarak, bu miRNA’ların T hücrelerinin tümöre karşı tepkilerini çalışmaktayız.
  • Biyoinformatik ve hesaplamalı biyoloji

    • Biyolojik veri tabanları halkın kullanımına açık olan çok miktarda veriye sahiptir. Bu halihazırda var olan veri kümelerinin yeni yaklaşımlarla incelenmesi, hastalıkların oluşumuna dair yeni hipotezlerin oluşturulmasını mümkün kılabilir. Çalışmalarımız immünoterapi yanıtını ve kanserin nasıl seyredeceğini tahmin edebilecek genetik belirteçleri ortaya çıkarmayı hedeflemektedir. Bunun yanında, kullanıcı dostu analiz arayüzleri oluşturarak, biyologların büyük veri setlerini incelemesinin önündeki bariyerleri yok etmeyi amaçlıyoruz.
  • Deneysel immünoterapiler

    • İsteğe göre belirli kodlamayan RNA’ları da ifade edebilen kimerik antijen reseptörü (KAR) T hücreleri oluşturmayı hedefliyoruz. Bu sayede, KAR-T immünoterapisinin etkilerini güçlendirip daha iyi bir yanıt alınmasını mümkün kılmak istiyoruz.
Labımıza katılmak için çeşitli imkanlar mevcut! Bize katılıp, klinik önem taşıyan konuları açıklığa kavuşturmak istiyorsan, buradan ya da atakanekiz-at-iyte.edu.tr üzerinden iletişime geç!

Aşağıda labımızdan ve güzel İzmir’den bir kaç kare görebilirsin: